当测定标本在鞘流液约束下细胞成单行排列依次通过激光检测区时产生散射光和荧光信号，散射光分为前向角散射（ForwardScatter,FS）和侧向角散射或散射（SideScatter,SS），散射光是细胞的物理参数与细胞样本的制备（如染色）无关。
荧光信号也有两种，一种是细胞自发荧光它一般很微弱，一种是细胞样本经标有特异荧光素的单克隆抗体染色后经激光激发发出的荧光，它是我们要测定的荧光，荧光信号较强，这两种荧光信号的同时存在是我们测定时需要设定阴性对照的理由，以便从测出的荧光信号中减去细胞自发荧光和抗体非特异结合产生的荧光。
前向角散射（FS）反映被测细胞的大小，它由正对着流动室的光电二极管装置接收并转变为电信号；侧向角散射或散射（SS）反映被测细胞的细胞膜、细胞质、核膜的折射率和细胞内颗粒的性状，它由一个光电倍增管(PMT)接收并转变为电信号，这些电信号存储在流式细胞仪的计算机硬盘或软盘内。
流式细胞仪测定常用的荧光染料有多种，他们分子结构不同，激发光谱和发射光谱也各异，选择荧光染料时必须依据流式细胞仪所配备的激光光源的发射光波长(如氩离子气体激光管，它的发射光波ηm，氦氖离子气体激光管发射光波长ηm）。ηm激光光源常用的荧光染料有FITC（异硫氰酸荧光素）、PE（藻红蛋白）、PI（碘化丙啶）、CY5（化青素）、preCP(叶绿素蛋白)、ECD(藻红蛋白-得克萨斯红)等。
他们的激发光和发射光波长分别是：
激发光波长（ηm） 发射光峰值（ηm）
FITC （绿）
PE （橙红）
PI （橙红）
ECD （红）
CY5（深红）
PreCP （深红）
各种荧光信号由各自的光电倍增管(PMT)接收并转变为电信号后存储在流式细胞仪的计算机硬盘或软盘内。
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